报告指出，中国近海水质退化，富营养化和赤潮问题突出，目前赤潮每年发生达60余次。海洋水产品安全受到严重威胁，因食用水产品造成的民众中毒甚至死亡事件时有发生。
报告指出，中国海洋生态环境修复虽得到重视和发展，但与发达国家的差距还相当大，荒漠化问题比较突出。红树林、珊瑚礁、湿地等重要生态系统已分别丧失73%、80%和57%。
报告称，由于过度捕捞及近岸、河口地区污染加剧，赤潮灾害频发，渔业资源严重衰退，捕捞量从1999年开始呈现逐年下降的趋势，许多沿海海域已经无鱼可捕，一些海洋珍稀物种濒临灭绝。此外，原油运输和海上石油开发等造成的原油泄漏事故不断发生，给事发海域的生物和生态系统造成了不同程度的危害。
对中国海域造成污染的主要污染物有无机氮、活性磷酸盐和石油类，其中无机氮是中国近岸海域最主要的污染物类型，目前中国沿海除广西和海南，其他绝大多数省份海域无机氮平均含量超过国家一类海水水质标准，上海和浙江近岸海域无机氮平均含量连年均超过四类海水水质标准。
